比叡山 延暦寺は現代の行政区分では滋賀県にあたります。
また観智院（東寺）、地主神社と成就院（清水寺）、三宝院（醍醐寺）のように伽藍を構成する一部として世界遺産に含まれる場所もあります。
宇治 平等院鳳凰堂｜【世界遺産】
宇治 宇治上神社｜【世界遺産】
東寺・東福寺・伏見稲荷大社 東寺（教王護国寺）｜【世界遺産】
東寺・東福寺・伏見稲荷大社 観智院
高雄・周山 高山寺｜【世界遺産】
桂離宮・苔寺 苔寺（西芳寺）｜【世界遺産】
嵐山・嵯峨野 天龍寺｜【世界遺産】
金閣寺・仁和寺・太秦 金閣寺（鹿苑寺）｜【世界遺産】
金閣寺・仁和寺・太秦 仁和寺｜【世界遺産】
金閣寺・仁和寺・太秦 龍安寺｜【世界遺産】
京都駅・本願寺 西本願寺｜【世界遺産】
二条城・西陣 二条城｜【世界遺産】
清水寺・産寧坂・三十三間堂 成就院
清水寺・産寧坂・三十三間堂 清水寺｜【世界遺産】
清水寺・産寧坂・三十三間堂 地主神社
山科・醍醐寺 三宝院
山科・醍醐寺 醍醐寺｜【世界遺産】
銀閣寺・哲学の道・南禅寺 銀閣寺（慈照寺）｜【世界遺産】
上賀茂・北山・下鴨 上賀茂神社（賀茂別雷神社）｜【世界遺産】
上賀茂・北山・下鴨